Leczeniem zapaleń przełyku zajmuje się gastrolog. Leczy się je od kilku do kilkunastu tygodni. Niekiedy zapalenie przełyku może mieć charakter nawrotowy. Leczenie farmakologiczne jest konieczne w celu zagojenia się stanów zapalnych przełyku. Jest wiele środków leczących zapalenie przełyku: od związków zobojętniających kwasy żołądkowe, do leków hamujących produkcję kwasu żołądkowego. Jednak najbardziej skuteczne są leki należące do grupy inhibitorów pompy protonowej.
